Pepsin được biểu hiện như một zymogen gọi là pepsinogen, có cấu trúc chính với 44 axit amin được bổ sung vào. Trong dạ dày,các tế chính tạo ra các pepsinogen. Zymogen này được kích hoạt bằng axit hydrochloric (HCl), được thoát ra từ các tế bào thành trong niêm mạc dạ dày. Các hormonegastrin và dây thần kinh phế vị kích thích pepsinogen và HCl tiết ta từ dạ dày khi thức ăn được tiêu hóa. Axit clohiđric làm cho môi trường dạ dày có tính axit, cho phép pepsinogen được kích hoạt và tách riêng trong một chất xúc tác riêng do đó tạo thành các pepsin hoạt động. Phân cắt pepsin 44 axit amin từ pepsinogen tạo pepsin. Như vậy pepsinogen được coi là tiền thân của Pepsin.